Dotmatics RNA 치료제 개발 솔루션

새로운 RNA 기반 치료제 개발의 혁신

Overview

최첨단 연구에는 최첨단 도구가 필요합니다.

RNA 치료제는 질병 치료 및 증상완화를 위해 관련 단백질 translation을 조절합니다. RNA 기반 치료제 후보의 성공적인 개발에 있어 화학과 생물학의 상호 작용이 필요합니다. RNA치료제는 화학적 변형을 통해 약물의 분해로부터 치료제의 효능과 치료 기전을 보호하는것이 중요합니다.

신약 개발팀은 화학 및 생물학 기술을 모두 활용하는 분야를 넘나드는 교차 연구 능력을 갖추고 있습니다. 따라서 RNA 치료제 연구를 위한 데이터 관리 시스템 또한 교차 연구에 관련된 기능을 제공해야하며 관련된 복잡한 과학 데이터와 연구결과 처리가 가능해야 합니다.

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Cross-Functional Informatics Solutions for RNA Therapeutics

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Challenges

Can you...

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화학자나 생물학자가 원하는 방식대로 프로젝트 데이터를 검색 및 확인

RNA 치료제는 시퀀스의 화학적 변형을 응용하는 기술 중에서도 최신 기술로써 치료제의 과학적 혁신을 주도하고 있습니다. 생물학자와 화학자로 구성된 교차기능(cross-function)팀은 하나의 소스를 이용할 수도 있지만, 각 분야의 다른 시각을 통한 검색 및 확인이 필요합니다. 화학자는 대부분 구조 검색을 사용하고, 생물학자는 시퀀스 검색을 사용하지만, 기능적으로 동등한 쿼리이기에 동일한 방법으로 결과를 찾을 수 있습니다.

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다양한 과학적 이노베이션을 정확하게 정의하고 보호

RNA치료제 연구는 빠른 속도로 그 의미를 확장하고 있습니다. 치료제 후보물질을 완벽하고 정확하게 정의하여 업무에 대한 정확한 파악과 지식 재산권 보호를 확립할 수 있습니다.

DNA to Table Icon

과학 데이터 기록

데이터를 확인하기 위해서는 먼저 데이터를 기록해야 합니다. 하지만 과학 데이터는 아무렇게나 기록해서는 안됩니다. 생물학적 혹은 화학적으로 이해가 가능하며 연구개발의 통찰을 위한 방식으로 기록해야 하며, 데이터의 품질과 정확성을 보장하며 필요할 때 누구나가 찾아 볼 수 있어야 합니다.

Capabilities

With Dotmatics you can

icon 교차기능(cross-function)팀의 다양한 분야의 연구원들과 협업하여 원하는 데이터를 공유하고 확인

RNA 치료제 개발은 화학자와 생물학자의 긴밀한 협력이 필요합니다. 효과적인 후보를 개발에 있어 RNA의 화학적 변형이 분자의 구조와 작용 방식에 어떤 영향을 미치는지 이해하는 것은 중요합니다. 그렇기 때문에, 데이터 관리 시스템이 화학과 생물학 데이터를 이해하고 치료제 후보물질에 대한 대표적인 표현 형식을  저장하는 것이 중요합니다. 해당 데이터를 찾기 위해서 자연스러운 “과학적 언어”(화학자의 경우 구조, 생물학자의 경우 시퀀스)로 쿼리하고 그 결과를 볼 수 있어야 합니다. 이를 통해 부서 간 팀이 고품질 데이터에 대해 효과적으로 의사 소통하고 협업할 수 있습니다. Dotmatics 플랫폼은 이러한 요구사항을 충족할 수 있는 유일한 엔터프라이즈급 규모의 정보학 시스템입니다.  스타트업이든 다국적 제약 기업이든 기업의 목표를 달성하기 위해서는 전사적으로 사용할 수 있는 데이터 관리 시스템이 필요합니다.

icon RNA 치료제의 화학적 세부 정보를 등록하여 고유성을 정의하고 지식 재산권을 보호

RNA 치료제 개발을 위한 Dotmatics 솔루션의 중요한 모듈은 Bioregister입니다. Bioregister는 InChI 키를 사용하여 서열 기반 엔티티에 대한 완전한 화학적 표현을 생성하는 생물물질 등록 시스템입니다.  사용자는 염기서열과 분자 화면을 쉽게 전환 할 수 있으며 화학자 또는 생물학자로서 보기 편한 모드로 선택하여 볼 수 있습니다. 화학적 표현방법은 물질의 고유성 검사에 사용되며화학 기반 검색에 사용됩니다. Bioregister는 또한 엔티티에 대한 HELM (Hierarchical editing language for macromolecules)표기법을 자동생성하며, 파트너와의 커뮤니케이션에 유용하게 사용됩니다. Bioregister는 결합 RNA의 정의 및 데이터 기록을 간소화하기 위해 “Click chemistry”를 기반으로 하여 bioconjugation linkage를 예상할 수 있습니다. 모든 데이터를 종합하고 다양한 기능을 통해 강력한 후보물질이 무엇인지 정확히 알 수 있고 지식 재산(IP)을 완벽하게 보호할 수 있습니다.

icon 연구 데이터를 언제든지 간단하게 찾을 수 있도록 기록

RNA 치료제 개발을 위한 Dotmatics 솔루션은 엔티티의 세부적인 사항을 완벽하게 기록하는데 필요한 항목을 제공하고 프로젝트 목표를 완벽하게 지원할 수 있도록 폭넓은 정보학 기능을 제공합니다. Dotmatics ELN인 Studies Notebook은 실험 템플릿 구성이 가능하며 탐색을 위한 연구에서 사용가능한 “paper-on-glass” 프로토콜에서부터 형식화된 절차를 따르는 고도로 구조화된 프로토콜에 이르기까지 다양합니다. Studies Notebook 템플릿은 화학 또는 생물학 기반 워크플로우를 지원하도록 구성할 수 있습니다. 모든 분야의 데이터를 기록하고 인덱싱하여 열람 권한 있는 사용자에게 빠르게 데이터를 확인 할 수 있습니다. 데이터가 데이터 사일로에 갇혀 무용지물이 되지 않고 필요한 사용자에게 데이터를 간편히 찾고 활용할 수 있도록 하는 것이 Dotmatics 솔루션의 비젼입니다.

또한, 고급 분석 및 시각화 응용 프로그램인 Vortex에는 화학 및 생물학 분석을 위한 고급 알고리즘이 포함되어 있으며 분자 또는 시퀀스 형식으로 화학적으로 변형된 치료제를 나타 낼 수 있습니다. 마지막으로, Browser는 모든 과학자가 데이터를 검색, 탐색 및 조회하고 정보에 입각한 결정을 내릴 수 있도록 하여 연구와 혁신을 가속화하는 Dotmatics의 핵심적 모듈입니다.

Products

This solution consists of

iconDotmatics Browser

Dotmatics Browser is a powerful web-based search and reporting solution that provides federated searching across Dotmatics and third party research databases, enabling research scientists to access all of their data whenever they need it, irrespective of where it is stored.

  • Integrates chemical, biological, assay, notebook and other research databases to provide a single federated search and browse capability
  • Provides scientific search, such as chemical substructure and similarity
  • Manages project level and personal search forms and views, queries, lists and reports
  • Powerful scientific data visualization as forms, tables and charts.

iconDotmatics Bioregister

Dotmatics’ Bioregister is a web-based application for registering sequence-based, chemically-modified and structureless biological entities, allowing biologics discovery organizations to ensure entity uniqueness and protect their intellectual property. Bioregister supports management of a broad set of biologics entities, including DNA, RNA, peptides and proteins, antibodies, conjugates, non-natural peptides and nucleotides,  plasmids, cell lines and user-defined entities. It also enables users to record batches and samples for these entities, purification and expression information, and other protein production data.

  • Records and manages biologic entities, including chemically-modified sequences and sequence-less entities, and associated attribute data and lineages
  • Generates chemical representation (where possible) of natural and non-natural entities
  • Determines the uniqueness of entities and assigns registration numbers, including using full chemical-based uniqueness where possible
  • Manages data associated with entity production, such as protein expression, purification and characterization
  • Records batches and samples of protein produced for the entities, with full relationship tracking

iconDotmatics Studies Notebook

Dotmatics Studies Notebook is an Electronic Laboratory Notebook (ELN) with flexible templating to capture, store and search experiments from all scientific disciplines.

  • Dotmatics Studies Notebook allows scientists to capture and store their experiments in a form that is easily searchable by all team members. It allows organizations to secure and audit IP and define signing workflows
  • Flexible protocols (implemented as templates) allow the single ELN to accommodate highly structured experiments such as synthetic chemistry and protein purifications, as well as more ad hoc experiment types often useful for target identification and discovery biology experiments. Ad hoc experiments are also often used to support a transition from paper based notebooks
  • Dotmatics Studies Notebook allows for collaboration on experiments by multiple scientists within or between organizations

iconDotmatics Vortex

Dotmatics Vortex is an interactive data visualization and analysis solution for scientific decision support. Building on and extending the spreadsheet paradigm, it provides the data manipulation, statistical analysis and sophisticated plotting capabilities required to explore and understand any complexity and size of data. Vortex is also scientifically aware providing native cheminformatics and bioinformatics analysis and visualizations.

  • Allows users to understand, refine and select from large and/or complex data sets
  • Allows teams to collaborate on scientific analysis through shareable workspaces and reusable templates
  • Understands numeric, textual, image, chemical structure and biologic sequence data
  • Generates high performance, interactive visualizations, including charts and tables
  • Handles very large datasets – e.g. tables of millions of compounds by thousands of descriptors or cells containing whole genome sequences
  • Has inbuilt data mining, statistical, cheminformatics and bioinformatics analysis functions
  • Loads data from many types of file or when used in conjunction with Browser, directly from databases

iconDotmatics Studies

Dotmatics Studies is a highly flexible, innovative screening data management solution to capture and analyze all types of screening experiments from high content (HCS) and high throughput (HTS) to dose-response and DMPK studies.

  • Defines analysis protocols for plate and non-plate based assays
  • Provides out-of-the-box and custom assay protocols, curve fit calculations, plate readers, and plate layouts captured and stored for re-use
  • Supports very high data volume assays
  • Defines business rules for very automated classification of results
  • Manual or automated processing allows screening scientists to apply the screening protocols to process raw instrument and validate the results, or experiment creation and processing to be driven via an automation layer.
  • Once completed and validated, screening results are immediately available via Browser to the project team

iconDotmatics Platform

The Dotmatics Platform is the common framework that supports the Dotmatics web-based scientific applications and allows them to work together to provide users seamless end-to-end workflows. The Platform supports managed deployments in the Cloud or self-supported deployments on premise. An open architecture enables workflows to include third-party software integration. When used together with Dotmatics Browser the Platform allows federated data access across corporate and external research data.The Dotmatics Platform is completely unified – it provides common data models, code and architecture to support business workflows that span the capabilities of the individual applications. This is important for enterprise enablement of research organizations, providing ease of maintenance and development. It gives the lowest possible total cost of ownership compared to platforms that support their applications with less tightly integrated collections of multiple technologies and/or architectures with multiple development histories.

  • Provides the framework that supports all Dotmatics web-based scientific applications and allows them to work together to provide seamless workflows.
  • Portal for administrators to manage users and groups, applications and configurations
  • Provides APIs for automation and integration with 3rd party software
  • When used in conjunction with Dotmatics Browser provide access to data from across an organization and externally

iconDotmatics Inventory

Dotmatics Inventory is a fully searchable sample and materials inventory that tracks chemicals, biologics, instruments and associated data across a hierarchy of locations and manages the dispensing and plating workflows, as samples are moved through an R&D process.

  • Defines a hierarchy of storage locations for an organization
  • Track samples in containers such as bottles and plates in those storage locations
  • Manages research materials, reagents and assets
  • Manages the aliquoting and dispensing workflows to distribute samples for testing
  • Maintains a full audit trail
  • Allows for searching and reporting on inventory information alongside other corporate data

iconDotmatics Cascade

Dotmatics Cascade manages the requesting and assignment of laboratory tasks, and tracking the progression of samples, across multiple teams within an organization or across a collaborating network.

  • Dotmatics Cascade allows organizations to define available services, such as assay execution or analysis and the associated scientific team
  • Scientists create requests for services and submit compounds Service managers manage, group and assign requests for execution
  • Service team scientists accept requests, create and autopopulate experiments to execute them
  • Teams can see request status and monitor compound or sample progression