화학적으로 변형된 치료제 개발을 위한 솔루션

새로운 치료법을 위한 생물학과 화학의 연결

OVERVIEW

새로운 분야의 연구에서 필수적인 데이터관리

생물물질을 기반으로 다양한 방식의 화학적 변형을 가한 분자를 이용한 신약개발은 최근 급부상하는 분야중 하나입니다. 이러한 방법으로 새로운 약물을 개발하는 이유는 기존의 약리적 공간(pharmacological space)에 더 효과적이게 접근하거나 새로운 약리적 공간에 접근하기 위함이며, 두번째로는 투약방법, 효과적인 타켓팅, 약동학(phormacokinetics)이나 면역원성(免疫原性, immunogenicity) 등 기존의 생물학적 약물에 대한 과제를 해결하기 위함입니다.

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CHALLENGES

Dotmatics는 가능합니다.

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연구를 뒷받침하는 모든 데이터를 기록할 수 있습니까?

화학적으로 변형된 치료제의 개발에는 화학과 생물학 양쪽 모두의 이해가 필요합니다. 양쪽의 모든 프로젝트 데이터를 효과적으로 기록하기 위해 다양한 Ad hoc 워크플로우와 표준화 워크플로우를가 필요합니다.

언제든지 모든 데이터를 추적하고 확인할 수 있나요?

화학적으로 변형된 치료제 개발 프로젝트는 대량의 다양한 데이터를 생성합니다. 이것은 데이터 관리, 특히 후보물질간의 관계 추적에 문제가 생길 수도 있습니다. 정보를 바탕으로 한 의사결정은 상황에 맞는 모든 프로젝트 데이터를 보는 것이 중요합니다.

과학적 혁신을 위한 데이터를 보호할 수 있습니까?

바이오 제약 산업의 경쟁은 치열합니다. 많은 기업들이 같은 질병이나 치료 분야를 타깃으로 하고 있습니다. 새로운 치료법의 설계와 실험 프로세스에서의 과학적 혁신은 귀중한 자산입니다. 이러한 정보는 엄격하게  보호해야 합니다.

CAPABILITIES

Dotmatics와 함께하세요.

icon 다양한 치료법으로 데이터 관리 문제 발생

치료제의 종류에는 antibody-drug conjugates (ADCs), peptide-drug conjugates (PDCs), antisense oligonucleotides (asRNA), small interfering RNA (siRNA), modified RNA (modRNA), stapled peptides, 그리고 cyclic and bicyclic peptides 등의 다양한 약물이 있습니다. 이 모든 약물은 크기, 조성 등이 다른 분자이고, 화학적으로 변형된 약물이기 때문에 일반적인 scientific informatics system에서 데이터 관리에 한계가 있어 생물학자와 화학자들간의 협업과 커뮤니케이션 및 연구개발에 걸림돌이 되고 있는 것이 현실입니다.

icon 단일 시스템에서 화학 및 생물학 프로젝트 데이터 관리

화학 또는 생물학만을 지원하는 시스템은 화학적으로 변형된 치료제의 완전한 과학적 정의와 정보를 수용하지 못해 이 연구를 지원하지 못하고 강력한 지적재산권 보호를 하지 못합니다. 화학자와 생물학자의 사이의 헙업에 방해가 되어 프로젝트의 진행이 늦어집니다. 경우에 따라 이런 조직에서는 생물학 데이터와 화학 데이터를 위한 두 개의 정보학 시스템을 채택합니다. 시스템 전체에서의 엔티티 정의의 정확도는 보장할 수 없기 때문에 이는 최선의 선택은 아닙니다. 데이터 통합이 어려워지고 지적재산권 보호, 데이터 품질, 부서간의 협업력 등이 약화됩니다.

icon 화학적 변형 치료제를 위한 엔터프라이즈 솔루션

화학적으로 변형된 치료제를 위한 Dotmatics 솔루션은 약물에 대한 세부적인 entity를 완벽히 저장하기 위해 필요한 사항들을 제공하며, 프로젝트의 목표달성을 위한 다양한 정보학기능을 완벽하게 지원합니다. Dotmatics Platform은 본질적으로 화학과 생물학을 모두 이해하여 프로젝트의 데이터가 진정한 하나의 솔루션을 통해 기록되고 관리되도록 합니다. 이를 통해 지적재산권을 보호하고, 최고수준의 데이터품질을 유지하며, 다양한 분야의 연구원들이 효율적이고 효과적으로 협력할 수 있습니다.

icon 지적재산권 보호를 위해 생체분자의 화학적 특성을 등록

화학적으로 변형된 치료제를 위한 Dotmatics의 핵심 솔루션은 생물물질 등록 시스템인 Bioregister이며 이 제품은 InChl키를 사용하여 시퀀스 기반의 entity를 나타낼 수 있는 완전한 화학적 표현을 생성합니다.  사용자는 시퀀스 형태로 혹은 분자 형태의 뷰어로 쉽게 entity를 확인할 수 있으며 entity에 따라  적합한 뷰어를 선택하여 사용할 수 있습니다. 화학적 표현방법에 사용된 항목들은 고유성 검사에 사용되며, 이런 화학적 정보를 이용한 검색이 가능합니다. Bioregister는 또한  entity에 대한 HELM 표기법을 생성할 수 있으며 이를 통해 파트너와의 소통에 도움을 줄 수 있습니다. Bioregister는 ADC(antibody-drug conjugates)와 PDC(peptide-drug conjugates)의 정의와 저장의 간소화를 위해 “Click chemistry”기반으로 하여 bioconjugation을 생성할 수 있습니다.

icon 생물학자와 화학자를 위한 새로운 치료제 연구를 지원

Dotmatics는 Bioregister를 지원하며 플랫폼의 일부로서 다른 다양한 모듈도 제공합니다. 연구 노트인, Dotmatics Electronic Lab Notebook(ELN)은 유연하게 구축되어 있어 화학 또는 생물학 기반 워크플로우를 지원하도록 템플릿을 구성할 수 있습니다. 보다 많은 조사를 위한 실험을 하고 있는 경우에는 단순한 Discovery ELN 템플릿을 지원합니다. 고급 분석 및 시각화 애플리케이션인 Vortex에는 화학 및 생물학 분석을 위한 고급 알고리즘이 포함되어 있으며 화학적으로 변형된 치료제를 분자 형식 또는 시퀀스 형식으로 표시할 수 있습니다. 그리고 최종적으로 Dotmatics Browser는 모든 과학자들이  데이터를 검색하고 탐색 및 확인하고 정보에 근거한 의사결정을 하여 연구와 혁신을 가속화할 수 있는 중요한 툴입니다.

PRODUCT

솔루션 구현을 위한 제품 리스트

iconDotmatics Browser

Dotmatics Browser는 강력한 웹기반 검색 및 리포팅 솔루션으로 Dotmatics 및 타사의 연구 데이터베이스에서 통합 검색을 제공하여 연구원들이 필요할 때 언제든 데이터 저장 위치에 상관없이 모든 데이터에 접근할 수 있습니다.

  • 화학, 생물, 어세이, 연구노트 및 기타 연구 데이터베이스를 통합하여 단일 화면에 통합 검색 및 탐색 기능을 제공합니다.
  • 화학 구조의 하부 구조 및 유사성 같은 과학적 검색을 제공합니다.
  • 프로젝트 수준 및 개인에 따른 검색 양식 및 보기, 검색 내역, 목록 및 보고서를 관리합니다.
  • 양식, 표 및 차트로 강력한 데이터 시각화를 구현합니다.

iconDotmatics Studies Notebook

Dotmatics Studies Notebook (ELN)은 모든 과학 분야의 실험 데이터 수집, 저장 및 검색 할 수 있는 유연한 템플릿 기반 전자 연구 노트 (ELN)입니다.

Studies Notebook으로 무엇을 할 수 있나요?

  • 연구원들은 Dotmatics Studies Notebook을 사용하여 모든 팀원이 쉽게 검색 할 수 있는 형태로 실험 데이터를 수집하고 저장할 수 있습니다. 또한, Dotmatics Studies Notebook 을 통해 지적재산권 보호 및 감사 오딧을 하고 서명 절차를 정의 할 수 있습니다.​
  • 템플릿으로 구현되는 유연한 프로토콜을 통해 합성 화학 및 단백질 정제와 같은 고도로 구조화 된 실험 뿐만 아니라 생물학 실험을 통한 표적 식별 및 개발에서 유용한 ad-hoc 형태의 실험을 수용합니다. Ad-hoc은 종이 기반 연구노트에서 전자연구노트로 전환시에 종종 사용됩니다.​
  • Dotmatics Studies Notebook을 사용하면 조직 내 혹은 조직의 여러 연구원이 공동 연구를 수행 할 수 있습니다.​

iconDotmatics Bioregister

Dotmatics의 Bioregister는 시퀀스 기반 및 화학적 변형 생물물질이나 구조가 없는 생물학적 엔티티 등록을 위한 웹 기반 응용 프로그램으로, 생물물질 신약개발 기관이 연구 엔티티 고유성을 보장하고 지적 재산을 보호 할 수 있습니다. Bioregister는 DNA, RNA, 펩타이드 및 단백질, 항체, conjugate, non-natural 펩타이드 및 뉴클레오티드, 플라스미드, 세포주 및 사용자가 정의 엔티티를 포함한 광범위한 생물 제제 엔티티들을 관리합니다. ​또한, 사용자는 정제 및 발현 정보,  기타 단백질 생산 데이터의 배치(batch) 및 샘플을 기록 할 수 있습니다.

Bioregister로 무엇을 할 수 있나요?

  • 화학적으로 변형된 서열 및 서열이 없는 물질, 관련 속성 데이터 및 계보를 포함한 생물학적 물질을 기록하고 관리합니다.​
  • 자연 및 비자연 엔티티의 화학적 표현 (가능한 경우)을 생성합니다.​
  • 엔티티의 고유성을 결정하고 등록 번호를 할당합니다.​
  • 단백질 발현, 정제 및 특성화와 같은 엔티티 생성과 관련된 데이터를 관리합니다.​
  • 완전한 관계 추적을 통해 엔티티에 대해 생성된 단백질의 배치(batch) 및 샘플을 기록합니다.

iconDotmatics Vortex

Vortex는 과학적 의사결정을 지원하기 위한 대화형 데이터 시각화 및 분석 솔루션입니다. 스프레드시트 패러다임을 구축하고 확장하여 데이터의 복잡성과 크기를 탐색하고 이해하는데 필요한 데이터 조작, 통계 분석 및 정교한 그래프 기능을 제공합니다.​ Vortex는 과학적으로 화학 정보학과 생물 정보학 분석 및 시각화 기능을 제공하고 있습니다.​

Dotmatics Vortex로 무엇을 할 수 있나요?

  • 사용자가 크고 복잡한 데이터를 이해하고 수정및 선택할 수 있음.​
  • 팀은 공유 가능한 workspace와 재사용 가능한 템플릿을 통해 과학적 분석에 대한 협업이 가능
  • 숫자, 텍스트, 이미지, 화학 구조 및 생물학적 서열 데이터를 이해
  • 차트 및 테이블을 포함한 고성능의 대화형 데이터 시각화를 생성
  • 수천 개의 데이터 설명 혹은 전체 유전체 서열을 포함한 세포로 된 수 백만개의 화합물 테이블 같은 매우 큰 데이터 세트를 처리
  • 데이터 마이닝, 통계, 화학 정보학 및 생물 정보학 분석 기능이 내장
  • 여러 유형의 파일 또는 Browser 검색 데이터를 불러오거나 데이터베이스 직접 데이터를 불러올 수 있음.

iconDotmatics Studies

Dotmatics Studies는 매우 유연하고 혁신적인 스크리닝 데이터 관리 솔루션으로, HCS 및 HTS에서 용량 반응 (dose-response) 및 DMPK 연구에 이르기까지 모든 유형의 스크리닝 실험을 저장하고 분석합니다.

Studies로 무엇을 할 수 있나요?

  • Plate 및 non-plate 기반 어세이에 대한 분석 프로토콜을 정의​
  • 즉시 사용 가능하(OOTB)거나 사용자 맞춤의 어세이 프로토콜, Curve fit 계산, Plate reader 및 기록 및 저장시 재사용 할 수 있는 plate 레이아웃을 제공​
  • 많은 양의 데이터 어세이도 지원합니다.​
  • 결과 분류의 자동화를 위한 비즈니스 규칙을 정의​
  • 수동 또는 자동 처리를 통해 스크리닝 분석하는 연구원은 스크리닝 프로토콜을 적용하여 기기의 raw 데이터를 처리하고 결과를 검증하거나 실험 생성 및 처리를 자동화 레이어를 통해 구동
  • 분석을 완료되고 검증이 끝나면, 검색 결과는 Browser를 통해 프로젝트 팀에게 즉시 제공됩니다.​

iconDotmatics Platform

The Dotmatics Platform is the common framework that supports the Dotmatics web-based scientific applications and allows them to work together to provide users seamless end-to-end workflows. The Platform supports managed deployments in the Cloud or self-supported deployments on premise. An open architecture enables workflows to include third-party software integration. When used together with Dotmatics Browser the Platform allows federated data access across corporate and external research data.The Dotmatics Platform is completely unified – it provides common data models, code and architecture to support business workflows that span the capabilities of the individual applications. This is important for enterprise enablement of research organizations, providing ease of maintenance and development. It gives the lowest possible total cost of ownership compared to platforms that support their applications with less tightly integrated collections of multiple technologies and/or architectures with multiple development histories.

  • Provides the framework that supports all Dotmatics web-based scientific applications and allows them to work together to provide seamless workflows.
  • Portal for administrators to manage users and groups, applications and configurations
  • Provides APIs for automation and integration with 3rd party software
  • When used in conjunction with Dotmatics Browser provide access to data from across an organization and externally

iconDotmatics Inventory

Dotmatics Inventory is a fully searchable sample and materials inventory that tracks chemicals, biologics, instruments and associated data across a hierarchy of locations and manages the dispensing and plating workflows, as samples are moved through an R&D process.

  • Defines a hierarchy of storage locations for an organization
  • Track samples in containers such as bottles and plates in those storage locations
  • Manages research materials, reagents and assets
  • Manages the aliquoting and dispensing workflows to distribute samples for testing
  • Maintains a full audit trail
  • Allows for searching and reporting on inventory information alongside other corporate data

iconDotmatics Cascade

Dotmatics Cascade manages the requesting and assignment of laboratory tasks, and tracking the progression of samples, across multiple teams within an organization or across a collaborating network.

  • Dotmatics Cascade allows organizations to define available services, such as assay execution or analysis and the associated scientific team
  • Scientists create requests for services and submit compounds Service managers manage, group and assign requests for execution
  • Service team scientists accept requests, create and autopopulate experiments to execute them
  • Teams can see request status and monitor compound or sample progression