ラボ インフォマティクスのためのドットマティクスの BioBright ソリューション

ラボ インフォマティクスのためのシステムで装置の出力データを取得、分析するシームレスなワークフロー

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概要

実験装置からELNへ

ELN やアッセイ データ管理システムで使用する結果の多くは、実験装置から生成された生データです。装置の出力データと ELN がつながっていない場合、科学者はLIMS からのエクスポート、ネットワーク共有、または USB キーでのファイル転送など、データを手動で収集しています。この作業には時間がかかり、エラーが発生しやすく、不適切なデータは誤った意思決定を引き起こす可能性があります。ハイスループット実験の進歩とともに、実験装置データの規模と複雑さが増しているため、このような手動によるデータ処理は持続不可能になりつつあります。

ドットマティクスの BioBright ソリューションは、実験装置データの取得と処理のプロセスを完全に自動化します。ファイルと結果は安全なデータボールトに保存され、ELN や分析データ管理システムに送信されて分析することができます。ドットマティクスの BioBright ソリューションがあれば、プロセス全体が自動化され、リアルタイムにデータを共有することができます。

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チャレンジ

課題

Laptop with Bar Chart Icon

実験装置ファイルからデータを簡単に取り込めますか?

ボタンをクリックするだけで、装置のデータと結果を ELN の実験に取り込むことができますか?

ラボの至るところからすべてのファイルを手動で収集し、ネットワーク ドライブを探し回っていませんか? USBを使用してファイルを移動していませんか?実験を入力する前に、ファイル セットを整理して手動でデータを抽出していませんか?

project management icon

ハイスループットの実験分析を自動化できますか?

ハイスループットの実験データは自動化されていて、実験レコードが作成されたときに作成、分析できますか?

膨大な量の実験結果を分析するのに苦労していませんか?必要な実験データをアセンブルしてロードする前に、別のシステムで実験を手動で作成していませんか?

意思決定のための完全なデータに簡単にアクセスできますか?

実験結果、関連する実験、基礎となるすべての生データを見つけるのは簡単ですか?ドリルダウンして、仮説を検証するために必要なデータを見つけるのは簡単ですか?

最終結果、実験、生データは別々のデータサイロに保存されていませんか?

artificial intelligence icon

AI / ML モデルのデータはクリーンですか?

AI/ML モデルに供給されるすべてのデータはクリーンですか?規制当局への提出のための重要な証拠としてデータを使用する予定ですか?データ管理はどのように行われましたか?

装置のデータ収集から実験結果の決定までのいずれかの時点で、手動によるデータ処理が行われていませんか?そのプロセスは一貫性があり、不注意によるエラーはありませんか?

特徴

ドットマティクスの BioBright のソリューション

icon 実験装置のデータを自動的に取得して解析し、ELN にロードします

  • ドットマティクスのBioBrightソリューションは自動で
    • 実験装置ファイルを取得します。
    • データとメタデータを抽出します。
    • 生ファイルと結果を安全なデータレイクに保存します。
  • ドットマティクスのELN から、BioBright リポジトリを直接参照できます。
  • 選択したファイルは ELN に直接ロードされます。
  • ファイルはタイプに従って処理およびレンダリングされます。Excel、化学構造 SDF ファイル、シーケンス ファイルなど。
  • ファイルは RESTFul API 経由で利用可能 – 自動で安全、ロスがありません。

icon 実験装置の出力が読み取られると、実験を自動で作成して分析します

  • ドットマティクスのBioBrightソリューションは自動で
    • 実験装置ファイルを取得します。
    • データとメタデータを抽出します。
    • 生ファイルと結果を安全なデータレイクに保存します。
  • 一連のファイル (プレート リーダーからのアッセイ結果など) を取得すると、アッセイ データ管理システムで新しい実験の作成が自動的にトリガーされます。
  • プレート データは、人の介入を必要とせずに、自動で新しい実験に送信されます。
  • カーブフィットやカーブ分類などの計算が自動的にトリガーされます。
  • 手動による実験の作成、データの読み込み、分析は不要です。科学者は、提示された実験をレビューするだけです。
  • ファイルは RESTFul API 経由で利用可能 – 自動で安全、ロスがありません。

icon 機械学習と意思決定のための完全にクリーンなデータを確保します

  • 実験装置から実験までの完全に自動化されたデータ処理により、人為的エラーが排除され、クリーンなデータが AI/ML モデルに供給されます。
  • 生ファイル、解析データ、結果、分析を含む完全なデータセットは、意思決定やドリルダウンのために簡単にアクセスできます。
  • データセットの作成ルールはカスタマイズ可能です。カスタム ビジネス ルールまたはワークフロー ルールに基づいて自動的に作成できます。

製品

このソリューションで使用する製品

iconDarwin Sync

Darwin Syncは、実験装置、クラウド、CRO に接続された PC にインストールできます。

  • ファイルを暗号化し、クラウドに安全にアップロードします。
  • 計測器ソフトウェア プラットフォーム用のダイレクト API 接続 (例: Empower、Unicorn など)
  • クラウド上の安全なデータレイクにファイルを保存
  • ファイルの検索と参照

iconBioBright Cloud

ファイルおよびファイルベースではないシステムからデータとメタデータを解析して抽出します。

  • QA/QC ワークフローを定義してデータに適用します。
  • 運用上のインサイトを得るための軽量のダッシュボードと可視化アプリを構築します。
  • BioBright の API ファースト アプローチ (例えば、ELN、画像分析、アッセイ データ管理など) を介して、データを他のアプリケーションに迅速に統合します。

iconDotmatics Studies Notebook

ドットマティクスのStudies Notebookは、幅広い分野の実験を記録、保存、検索するためのフレキシブルな電子実験ノート(ELN)です。

  • 合成化学やタンパク質精製などの高度に構造化された実験だけでなく、標的分子の同定や生物学的製剤開発のためのアドホックな実験にも対応。柔軟なテンプレートは、紙ベースの実験ノートからの移行をサポートします。
  • ドットマティクスのStudies Notebookがあれば、組織内または組織間で複数の科学者による共同作業が可能です。

iconDotmatics Studies

ドットマティクスの Studies は、ハイコンテンツ(HCS)・ハイスループット(HTS)から用量反応・DMPKまで、あらゆるタイプのスクリーニング実験を記録および分析するための、スクリーニングデータ管理ソリューションです。

  • プレートベースおよび非プレートベースのアッセイの分析プロトコルを定義できます。
  • すぐに使えるアッセイプロトコル、カスタムアッセイプロトコル、カーブフィット計算、プレートリーダー、再利用できるプレートレイアウト機能。
  • 大容量のアッセイデータを管理。
  • 結果を自動で分類するためのルールを定義できます。
  • スクリーニングプロトコルを適用して結果の検証、実験の作成・処理を自動化。
  • 処理が完了して検証されると、スクリーニング結果は Browser を介してチームと共有されます。

iconBrowser

Dotmatics Browser is a powerful web-based search and reporting solution that provides federated searching across Dotmatics and third party research databases, enabling research scientists to access all of their data whenever they need it, irrespective of where it is stored.

WHAT IT DOES:

  • Integrates chemical, biological, assay, notebook and other research databases to provide a single federated search and browse capability
  • Provides scientific search, such as chemical substructure and similarity
  • Manages project level and personal search forms and views, queries, lists and reports
  • Powerful scientific data visualization as forms, tables and charts.

iconVortex

Vortex is an interactive data visualization and analysis solution for scientific decision support. Building on and extending the spreadsheet paradigm, it provides the data manipulation, statistical analysis and sophisticated plotting capabilities required to explore and understand any complexity and size of data. Vortex is also scientifically aware providing native cheminformatics and bioinformatics analysis and visualizations.

WHAT IT DOES:

  • Allows users to understand, refine and select from large and/or complex data sets
  • Allows teams to collaborate on scientific analysis through shareable workspaces and reusable templates
  • Understands numeric, textual, image, chemical structure and biologic sequence data
  • Generates high performance, interactive visualizations, including charts and tables
  • Handles very large datasets – e.g. tables of millions of compounds by thousands of descriptors or cells containing whole genome sequences
  • Has inbuilt data mining, statistical, cheminformatics and bioinformatics analysis functions
  • Loads data from many types of file or when used in conjunction with Browser, directly from database