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研究開発のITインフラで差をつける

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概要概要

適切なインフラを適切なレベルで

デジタル化が企業戦略に組み込まれるようになった今、IT部門は科学者がデータを効率的に取り込み、活用するための柔軟なITインフラを確保する必要があります。通常、研究開発のITインフラは部門、分野、地域にまたがっています。このようなインフラは、部門レベルでの取り組みから発展したもの、買収によって統合されたもの、あるいは寿命を迎えたレガシーシステムの一部であるため、非常に複雑であることがよくあります。

ITインフラの整備には多額の関連コストがかかります。ライセンス、メンテナンス、導入、カスタマイズ、実装などのすべての費用を考慮して、可能な限り最適なインフラストラクチャを設計し、選択することがIT部門の仕事です。

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チャレンジ

課題

スケーラブルなインフラストラクチャ

オンプレミス、クラウド、SaaSへの移行、またはコラボレーションやアウトソーシングの取り組みをサポートする必要があります。また、ベンダーを統合し、パッチワークシステムを回避することが重要です。

コストを最小限に抑える

カスタマイズを最小限に抑え、既存のインフラストラクチャを使用して新しいワークフローと役割を設定できることが理想です。

複雑なランドスケープを統合

レガシーシステムを段階的に廃止し、既存のデータにもアクセスできる工夫が必要です。

特徴

ドットマティクスのソリューション

icon 統合プラットフォーム

ドットマティクスのソリューションは、研究開発組織のためのプラットフォームとして、柔軟で設定変更が可能。さまざまなワークフローや役割を展開することができます。また、統合プラットフォームであるため、共通のデータモデルに基づいてデータを標準化。ナレッジの共有やコラボレーションを妨げることなく、知的財産を保護することができます。カスタマイズではなく、コンフィグレーション(設定)ができるため、インフラのメンテナンス、アップデートが簡単です。

icon TCOの最小化

ドットマティクスのプラットフォームは、オンプレミス、プライベート・クラウド、またはSaaSインフラストラクチャとして展開することができます。各シナリオは同じコードを利用しているため、特定の展開シナリオに縛られることがなく、オンプレミスからクラウドへの移行やその逆の場合など、組織の方向性に合わせて対応できます。ドットマティクスのプラットフォームは単一のコードで構成されているため、アップグレードは非常に簡単です。

icon 展開とメンテナンスが簡単

多くの組織がITインフラをクラウドに移行しようとしていますが、相互運用性、スケーラビリティ、可用性、レイテンシーの面で課題が生じています。

ドットマティクスは、AWSのインスタンスをSaaSシステムとして実行するオプションを提供しています。当社は8年以上のAWSプレゼンスを持ち、300以上のシングルテナントの顧客インスタンスを運用。180TB以上のデータを管理しています。新規顧客の半数以上がSaaS構成でシステムを運用することを選択しています。

icon カスタマイズや複雑なマルチベンダー・ランドスケープを回避

IT 部門の大きな課題の 1 つは、複雑な科学データやアプリケーションの要件をどのようにサポートするかということです。

ドットマティクスのプラットフォームは、ドットマティクス内、自社開発、サードパーティ製(Webソースを含む)など、接続されたすべてのデータソースにアクセスすることができます。アプリケーション層では、サードパーティ製アプリケーションとの接続も可能で、シームレスなワークフローとデータ共有が実現します。

icon リップ&リプレイスを避ける

研究開発のITインフラは、ゼロから設計されることはほとんどありませんが、レガシーなアプリケーションやデータに対処する必要があります。技術的には可能であっても、既存のアプリケーションやデータの置き換えでは、重大な課題が発生する可能性があります。

ドットマティクスは、既存のシステム上にインフラストラクチャを構築します。科学データをフェデレーションしてコンテキスト化し、機械学習(ML)や人工知能(AI)アプリケーションを含むデータマイニングやデータ駆動型の研究開発をサポート。IT部門はレガシーシステムから最新のインフラへの移行をスムーズに行うことができます。

icon 新しい科学をサポート

科学は常に進化しています。そのため、研究開発組織は常に新しい機能やデータアクセスオプションをITシステムに組み込む必要があります。

ドットマティクスは、科学者がいつでもすべてのデータにアクセスできるようにするという考えに基づいて設立されました。データのフェデレーションとデータの可視化は、当社の戦略の中核にあります。ドットマティクスは、常に新しい科学をサポートし、実験室のデジタル化を推進します。最近の例としては、メタデータフレームワーク、生物学的製剤、非特異的医薬品のためのエンティティの作成・登録、複数のアッセイのサポート、反応経路情報のマイニングのためのグラフ解析などがあります。

製品

このソリューションで使用する製品

iconDotmatics Browser

ドットマティクスの Browser は、強力な Web ベースの検索・レポーティングソリューションです。ドットマティクスおよびサードパーティの研究データベース全体を横断した検索ができ、保存場所に関係なく、必要なときにすべてのデータにアクセスできます。

  • 化学、生物学、アッセイ、実験ノート、その他の研究データベースを横断する検索と参照機能。
  • 部分構造や構造類似性などから検索ができます。
  • プロジェクトレベルおよび個人で、フォーム、ビュー、クエリ、リスト、レポートを作成できます。
  • フォーム、表、チャートで、科学データを可視化します。

iconDotmatics Cloud

モバイルテクノロジーは、共同研究や外出先でのデータへのアクセスと意思決定を可能にします。ドットマティクスのクラウド版Platformは、複数のシステムやデータソースを統合することができ、ユーザーは、Webブラウザからドットマティクスのすべてのソリューションに簡単にアクセスすることができます。関連情報を網羅的に見ることで、十分な情報に基づいた意思決定をすることができます。

ドットマティクスのクラウド版Platformは、Amazon Web Services™(AWS)が提供します。ゴールドスタンダードのAWSインフラストラクチャを使用しているため、データのセキュリティが保証されています。ドットマティクスのソリューションは、世界中のAmazonが管理するデータセンターに設置されているため、ユーザーの希望する場所にデータを保管することができます。科学者、共同研究者、パートナーは、場所や時間帯に関係なく、クラウドを介して同じデータにアクセスすることができ、リアルタイムの研究ができます。

  • 各データは、個別の専用インスタンスに保管されます。
  • インスタンスへのアクセスは、ファイアウォールとユーザー認証の2段階認証。
  • インスタンス間のトラフィックはすべてHTTPS/SSLで暗号化されます。

共同研究の中心に

  • ドットマティクスのクラウド版Platformは、プロジェクトごとにユーザーへのセキュアなアクセスを提供します。
  • 単なるファイル共有システムではなく、革新的なアイデアや知的財産を創出できるソリューションです。

シングルテナントによるデータベース

  • ドットマティクスのクラウド版Platformは、個別のインスタンスを提供することで、システムを簡単に構成し、要件を反映することができます。
  • たとえば、モジュールの追加などの機能を、内部のデータベースや外部パートナーのデータベースにも反映することができます。

簡単でセキュアなアクセス

 ドットマティクスのクラウド版Platformは、新しい共同研究プロジェクトを設定するだけですぐに開始できます。難しいトレーニングは必要ありません。

  • プロジェクトメンバー全員がリアルタイムで研究データにアクセスできるため、24時間体制でグローバルな研究ができます。
  • セキュアでプライベートなAWSインフラストラクチャ内でホストされています。
  • AmazonのサーバーはISO 27001認証に対応し、複数のSAS70 Type II監査に合格しています。

iconDotmatics Platform

ドットマティクスのPlatformは、ドットマティクスのすべてのアプリケーションを構築するための共通のプラットフォームで、シームレスなエンドツーエンドのワークフローが構築できます。

ドットマティクスのPlatformは、クラウド、オンプレミスで展開が可能。オープンなアーキテクチャのため、ワークフローにサードパーティ製のソフトウェアを統合することができます。ドットマティクスの Browserを併用することで、企業内、外部のデータを横断参照することもできます。

ドットマティクスのPlatformは、1つのプラットフォーム上にある統合ソリューションです。共通のデータモデル、コード、アーキテクチャを使用しているため、メンテナンスとアップデートが簡単。複数の技術やアーキテクチャを持つアプリケーションのプラットフォームと比較して、総所有コストを低く抑えることができます。

  • 各ワークフローをシームレスに接続します。
  • 管理者は、ユーザー、グループ、アプリケーション、設定を管理できます。
  • 自動化とサードパーティ製のソフトウェアとの統合のためのAPIを提供します。
  • ドットマティクスの Browserを併用すると、企業内、外部のデータからの横断参照ができます。

iconDotmatics Studies Notebook

Dotmatics Studies Notebook is an Electronic Laboratory Notebook (ELN) with flexible templating to capture, store and search experiments from all scientific disciplines.

  • Flexible protocols (implemented as templates) allow the single ELN to accommodate highly structured experiments such as synthetic chemistry and protein purifications, as well as more ad hoc experiment types often useful for target identification and discovery biology experiments. Ad hoc experiments are also often used to support a transition from paper based notebooks
  • Dotmatics Studies Notebook allows for collaboration on experiments by multiple scientists within or between organizations

iconDotmatics Studies

Dotmatics Studies is a highly flexible, innovative screening data management solution to capture and analyze all types of screening experiments from high content (HCS) and high throughput (HTS) to dose-response and DMPK studies.

  • Defines analysis protocols for plate and non-plate based assays
  • Provides out-of-the-box and custom assay protocols, curve fit calculations, plate readers, and plate layouts captured and stored for re-use
  • Supports very high data volume assays
  • Defines business rules for very automated classification of results
  • Manual or automated processing allows screening scientists to apply the screening protocols to process raw instrument and validate the results, or experiment creation and processing to be driven via an automation layer.
  • Once completed and validated, screening results are immediately available via Browser to the project team

iconDotmatics Cascade

Dotmatics Cascade manages the requesting and assignment of laboratory tasks, and tracking the progression of samples, across multiple teams within an organization or across a collaborating network.

  • Dotmatics Cascade allows organizations to define available services, such as assay execution or analysis and the associated scientific team
  • Scientists create requests for services and submit compounds Service managers manage, group and assign requests for execution
  • Service team scientists accept requests, create and auto populate experiments to execute them
  • Teams can see request status and monitor compound or sample progression

iconDotmatics Chemselector

Dotmatics Chemselector manages very large chemistry datasets with fast search and trivially simple maintenance/update. It has a modern user interface focused on browsing and filtering for molecule, reagent and sample selection. The available eMolecules+ for Chemselector dataset provides access to highly curated eMolecules sourcing data.

Chemselector

  • High performance chemical searching, filtering and selection designed to support critical medicinal and synthetic chemistry workflows including:
    • building block selection
    • fragment set design
    • screening molecule selection for scaffold hopping
    • chemical series validation for hit to lead campaigns (“SAR by catalog”)
  • Uses Dotmatics provided datasets such as eMolecules+ for Chemselector and ChEMBL for Chemselector, or datasets built in-house from corporate or public databases

eMolecules for Chemselector

  • A sourcing dataset of over 20 million compounds and 8 million unique chemical substances with availability, pricing and packaging information from hundreds of suppliers using data curated by eMolecules
  • Provides additional information to the eMolecules source data to enhance searching, including deprotected structures, calculated physicochemical properties and structure classes
  • Simple monthly updates provide the latest eMolecules supplier and catalog data

iconDotmatics for Office | D4O

Dotmatics for Office makes Microsoft™ Office® applications such as Excel®, PowerPoint®, Word, OneNote and Outlook® chemically aware.

  • Adds live chemistry to documents, emails, spreadsheets and presentations
  • Works with Dotmatics Browser to retrieve chemistry and associated scientific data from databases directly into Microsoft Office applications
  • Provides property calculations, searching, enumeration and r-group analysis on the live structures in Excel

iconDotmatics Elemental

Dotmatics Elemental is a chemical sketcher that enable scientists to draw, edit and save structures and reactions, and calculate properties.

  • Sketch molecules, reactions and structure queries
  • Calculate chemical properties
  • Available as a fully-featured desktop application, iOS app or lightweight JavaScript plugin for sketching in-line in webpages

iconDotmatics Gateway

Dotmatics Gateway is a scientific document management solution that serves as a central place to share project documents and associated information across an internal or externalized team. It provides discussion threads and project events feeds.

  • Stores and shares project documents such as reports, presentations and literature
  • Provides news feeds detailing the latest documents and project results
  • Provides discussion threads associated with documents and project events
  • Complements structured project databases such as the molecule registry or assay results databases

iconDotmatics Inventory

Dotmatics Inventory is a fully searchable sample and materials inventory that tracks chemicals, biologics, instruments and associated data across a hierarchy of locations and manages the dispensing and plating workflows, as samples are moved through an R&D process.

  • Defines a hierarchy of storage locations for an organization
  • Track samples in containers such as bottles and plates in those storage locations
  • Manages research materials, reagents and assets
  • Manages the aliquoting and dispensing workflows to distribute samples for testing
  • Maintains a full audit trail
  • Allows for searching and reporting on inventory information alongside other corporate data

iconDotmatics Nucleus

Dotmatics Nucleus is a straightforward solution for importing flat files, such as spreadsheets, into a database.

Easily upload data from a variety of sources ready for query and reporting in Dotmatics Browser.

iconDotmatics Pinpoint

Dotmatics Pinpoint is a chemical cartridge for indexing and searching chemistry within Oracle databases.

Pinpoint enables indexing of chemical structures, calculations of physical chemical properties and substructure searches within an Oracle database. It is used to support structure searching with Dotmatics Browser, check for structural uniqueness and register molecules in Dotmatics Register, and store and search chemical reactions in Dotmatics Studies Notebook.

iconDotmatics Reaction Workflows

Reaction Workflows is a graphical environment that enables scientists to build and execute data processing workflows to perform common cheminformatics tasks, such as library enumeration, structure normalization and compound profiling. Users build workflows in a drag-and-drop environment by selecting and connecting nodes that provide inputs (e.g a list of reagents) and outputs (e.g. view in Dotmatics Vortex) or perform actions (e.g. perform a reaction), configuring them with data and then executing the workflow to produce results. Many different tasks can be configured including:

  • Synthetic library enumeration for an ELN experiment
  • Virtual library enumeration and profiling for virtual screening
  • Structure normalization for registration
  • Idea generation via lead hopping or to avoid liabilities
  • Chemistry file clean up

iconDotmatics Register

Dotmatics Register is a web-based compound and batch registration system used to maintain corporate chemical registration and reagent databases.

  • Captures chemical structure and associated data for newly synthesized or acquired compounds
  • Determines uniqueness and assigns new corporate IDs and/or new batch/lot IDs
  • Allows for single compound or batch registration
  • Allows registration from its own UI or from an ELN (Dotmatics or third party)

iconDotmatics Vortex

Dotmatics Vortex is an interactive data visualization and analysis solution for scientific decision support. Building on and extending the spreadsheet paradigm, it provides the data manipulation, statistical analysis and sophisticated plotting capabilities required to explore and understand any complexity and size of data. Vortex is also scientifically aware providing native cheminformatics and bioinformatics analysis and visualizations.

  • Allows users to understand, refine and select from large and/or complex data sets
  • Allows teams to collaborate on scientific analysis through shareable workspaces and reusable templates
  • Understands numeric, textual, image, chemical structure and biologic sequence data
  • Generates high performance, interactive visualizations, including charts and tables
  • Handles very large datasets – e.g. tables of millions of compounds by thousands of descriptors or cells containing whole genome sequences
  • Has inbuilt data mining, statistical, cheminformatics and bioinformatics analysis functions
  • Loads data from many types of file or when used in conjunction with Browser, directly from databases