Vortex

バイオインフォマティクスVortex

科学的研究に幅広く導入された高性能で使いやすいデータの可視化および分析プログラム

バイオインフォマティクスVortexは、Vortexの機能を拡張することで、すべての生物科学者がゲノム、プロテオミクス、抗体デザインとメタボロミクス、ペプチドのデータが簡単に分析できるようになっています。バイオインフォマティクスVortexは配列のダウンロードや確認、データの構築を容易にします。基本的なバイオインフォマティクスの分析は集約されてシンプルで、直接グラフのユーザーインターフェイス(UI)から操作できます。また、蛋白構造/配列活性相関(BSAR)の新しい分析は、科学的決断をサポートし発明プロジェクトの進行を促進します。

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用途

バイオインフォマティクスVortexは、科学者が一連のデータや構造データをファイルまたはデータベースからダウンロードし、ライブの配列や構造の表をVortexに作成するのを可能にします。配列の表示は双方向なので、他のユーザーもリニアおよび双曲線、1文字表記や3文字表記を含む様々なディスプレイモードを設定することができます。

そうするとユーザーは、参照配列にアラインメントしたものや、参照セットやクラスタリングへ配列したクロスアライメントを含む、基本的なバイオインフォマティクスの分析をユーザの配列に応用させることができます。多様な方法が組み込まれており、また経験が浅いユーザーのためには、ソフトウェアがデータに基づき最も適切なアルゴリズムを自動で選択します。したがって、例えば、とても短い配列が少数ある場合と、とても長い配列が多数ある場合とでは、適する方法は異なります。Vortexのすべての基本的な可視化を適応させている限り、ユーザーはCIRCOSプロットとBSARプロットなど、この種のデータにふさわしい可視化を選ぶことができます。

配列は文字や他の配列、低分子(複合体)とオリゴマーで注釈をつけることができます。ユーザーは、CDRなどの配列内での区域を判明させるために、注釈を手動で追加するかライブラリー検索を適用することができます。高性能の分析のため、配列データと共にオントロジーをダウンロードしたり統合することができます。活性データを生物分子データとダウンロードした場合、その活性をその構造もしくは/およびその配列に関連付ける新しいBSAR分析と可視化の方式を適用することも可能です。
バイオインフォマティクスの専門家は、新しい方式を定義したりあるいは他の第三者のコードを統合するためにVortexのスクリプト機能を利用し、他のVortexユーザーコミュニティでも使えるようにすることができます。

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利点

  • すべての生物科学者がそれぞれのデータの分析をすることが可能になります。バイオインフォマティクスVortexを使用するにあたって、ユーザーがバイオインフォマティクスの専門家またはスクリプトに精通している必要はありません。
  • ゲノム、プロテオミクス、メタボロミクスと抗体、タンパク質とペプチドのデザインを含む、生物科学の広大な分野に適応できます。
  • 配列、複合体、オリゴマー、タンパク質とペプチド及び低分子を含むすべての関連したデータタイプに対応しています。
  • 基本的なバイオインフォマティクスの分析が組み込まれて完全に統合されており、配列アラインメント(複数の方式)、クロスアラインメント、シーケンスクラスタリング、Prosite検索、ライブラリー検索(例:CDRとORF検出)が含まれています。
  • 大量のデータの可視化と分析の処理能力は、通常のビジネス用ノートパソコンでゲノム全体の可視化と分析を双方向でできる速さを備えています。
  • ケムインフォマティクスや統計的な分析と可視化のため長年に渡って製薬やバイオテクノロジー業界で幅広く導入され大成功を収めてきたVortexのプログラムに作用し、新しいバイオインフォマティクスの手法を極めてスムーズに既存のケムインフォマティクスや統計学、図式化する技術に統合します。
  • バイオロジー向けStudies NotebookBioregisterInventoryStudiesCascadeBrowserGatewayと結合されて使用された時に生物学的製剤の開発ワークフローに不可欠なものの一つとしてドットマティクス製品と完全に統合されています。

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主要点

  • FastAやFastQ(HELMのサポート開発中)または直接ドットマティクスBrowserのデータベースからデータをダウンロード
  • 配列、複合体、オリゴマー、タンパク質とペプチドや低分子を含む特定の科学的データ処理
  • 配列を双曲線状かリニアでのディスプレイまたは1文字表記か3文字表記のマルチライン表示
  • タンパク質と抗体の3D構造をリボン、CPKおよび表面などの様々なモードで表示
  • オリゴマー表示
  • 配列に文字、他の配列、低分子またはオリゴマーの注釈をつける
  • シーケンスアラインメント(複数の方法)、クロスアラインメント、シーケンスクラスタリング、BLAST検索、Prosite検索、ライブラリーサーチ及びORF検出
  • BSAR(蛋白構造/配列活性相関)分析
  • 通常のプロット(例:棒状、図表、円グラフ、ヒートマップ、樹形図、その他多数)に加えCIRCOSプロット、BSARプロットでの可視化
  • OBOとOWLオントロジーのダウンロードとディスプレイ

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