Bioregister
生物由来物質のエンティティ登録及びタンパク質発現プロセス管理
Dotmatics Bioregisterは配列(DNA、RNA、タンパク質)、抗体、抗体医薬結合、プラスミド、細胞株、ユーザー定義のエンティティを含む生物由来物質のエンティティ登録のためのウェブベースのアプリケーションです。またユーザーはエンティティ、全てのサンプル記録、クローンベクター、精製、発現データ及びその他のタンパク質産生データを記録することができます
何ができるか
- 生物由来物質のエンティティ、その配列、関連する属性データや系統を記録する。
- エンティティの一意性を決定し、登録番号を割り当てる
- エンティティの生成に関連するデータ、例えばタンパク質の発現、精製、特性などのデータを管理する。
- エンティティに対して生成したタンパク質のバッチを記録する。
利点
- カスタマイズできる－新規エンティティを定義したり、既存のエンティティ定義を修正したりワークフローを構成できる。
- アクセス可能－ウェブベースなのでクライアント側でインストールが不要。オンプレミス又はクラウド内に設置し共同研究をサポート。
- 統合－Studies Notebook ELNやInventoryなどの社内アプリケーションと完全に統合ができ、研究所のワークフローをサポート。
- 検索－簡単に検索でき、Dotmatics Browserのデータを使用することによりアッセイデータとの串刺し参照ができる。
主要な特徴
配列管理
- DNAまたはタンパク質配列から開始
- エンティティの系統を記録
- 直感的なシーケンスエディタを使用して変異配列を生成
- 点変異配列の列を素早く生成するための残基スキャン機能
- 変異配列を結合
- 追跡した関係性または標準(MSA)アルゴリズムを使用して野生型配列へと整列
- MWやPIや減衰係数などの属性を自動的に計算
- 残基/変異株をタンパク質ファミリーナンバリングやキメラなどの代替ナンバリングシステムで取扱う
- BLASTまたはPROSITEを使用して配列検索ができる
タンパク質産生データ管理
- 全体的なタンパク質産生プロセスを通してデータを管理し、生物の配列にリンクする
- 集中型データストレージを使用し、貴重な情報の紛失を防ぐ
- 発現ベクター、タンパク質タグ、発現量、精製手順、タンパク質濃度及び純度を記録
- ニーズに合わせてシステムをカスタマイズし、タンパク質産生プロセスの各過程で保存するエンティティのデータを拡張
- ブロット画像や構想、手順の描写も含む、過程を通したあらゆる文書を保存。
いくつかのシステムで弊社の生物由来物質の登録を試した結果、Bioregisterが一番簡単に使用でき、簡単に構成できると思いました。弊社が求めている全てのものが揃っており、数日以内に運用できました。バイオテック組織にとって理想的なシステムです。CSO:Biotech organization、英国