Dotmatics Lösungen für die Forschung der Life Sciences

Maximierung der Laboreffizienz und Förderung fundierter Entscheidungen

Übersicht

Steigerung der Effizienz und Unterstützung von Innovationen

Die Forschung in den Lifesciences ist multidisziplinär, multimodal, datenzentriert und durch sich ständig entwickelnde wissenschaftliche Methoden gekennzeichnet. Deshalb muss Ihre Forschungsinformatik-Lösung  immer auf dem neuesten Stand halten.

Unterstützen Sie die Arbeitsabläufe von Forschungsteams, die sich um die Entdeckung neuer Therapeutika bemühen; dies für eine zunehmende Anzahl von therapeutischen Entitäten.

Optimieren Sie die Effizienz, unabhängig davon, ob die Forschung von einem Team in einem einzelnen Labor oder von mehreren Teams in einem unternehmensübergreifenden, kollaborativen Netzwerk durchgeführt wird.

Die Fähigkeit, sich an das Volumen und die Vielfalt der heutigen Forschungsdaten und an die zunehmende Automatisierung, die das “Lab of the Future” vorantreibt, anzupassen.

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Herausforderungen

Können Sie ...

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Ihre gesamte Forschung erfassen?

Life-Science-Forscher expandieren die Auswahl an Therapiearten. Diese reichen von kleinen Molekülen über natürliche und chemisch modifizierte Biologika bis hin zu Zell- und Gentherapien. Alle diese Entitäten und die damit verbundenen Mengen von Daten müssen in Laborinformatiksystemen erfasst werden. Diese Systeme müssen es ermöglichen, die Daten zu durchsuchen und in Entscheidungsunterstützungssystemen zu analysieren.

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Effektiv zusammenarbeiten?

Eine Forschung durchläuft Abteilungen, wissenschaftliche Disziplinen, physische Standorte und oft auch Unternehmen.  Der Austausch von Anfragen, Daten und Ergebnissen muss nahtlos zwischen allen Beteiligten erfolgen, um die effiziente Durchführung des Projekts zu gewährleisten.

Fundierte Entscheidungen treffen?

Alle Projektmitglieder benötigten Echtzeit-Zugriff auf Projektdaten. Sie müssen Zugriff auf alle relevanten Daten zur jeden Zeit haben, unabhängig davon, wo diese gespeichert sind. Dies garantiert, dass sie die bestinformierten Entscheidungen über den Projektfortschritt treffen können.

Ihre Effizienz maximieren?

Durch die Steigerung der Effizienz werden die Entdeckungszyklen verkürzt. Dies kann auf mehrere Arten erreicht werden. Erstens durch nahtlos integrierte Daten-Workflows, die den Arbeitsablauf jedes Wissenschaftlers im Labor widerspiegeln. Zweitens durch die Automatisierung der Datenflüsse von den Instrumenten zur digitalen Experimenterfassung. Und drittens durch funktionsübergreifende Workflows, die Mitglieder aus verschiedenen Teams einbeziehen.

Ihre Herausforderungen lösen

With Dotmatics You Can

icon Unterstützung nahtloser multidisziplinärer Arbeitsabläufe

Arbeitsabläufe in der Forschung sind komplex, äußerst iterativ und erfordern viele Übergaben zwischen mehreren wissenschaftlichen Teams.

Dotmatics bietet umfassende Lösungen, die alle Phasen eines Forschungsworkflows abdecken, unabhängig von der therapeutischen Modalität eines Projekts. Die Funktionalitäten zur Erfassung von Experimenten, Entitäten, Proben und Assay-Ergebnissen sind alle auf einer zentralen Plattform aufgebaut. Die Plattform ermöglicht eine durchgängige Interkonnektivität und bietet eine anwenderfreundliche Bedienung. Ein medizinischer Chemiker oder Molekularbiologe kann beispielsweise aus einem ELN-Experiment heraus seine Prozeduren erfassen und die resultierenden Entitäten zur Registrierung und Proben zur Inventory senden, ohne die ELN-Oberfläche zu verlassen. Diese Plattform vereinfacht die Analyse-Workflows auf ähnliche Weise. Die Plattform bietet jedem Wissenschaftler die Möglichkeit, alle relevanten Projektdaten über seine Entitäten und Assay-Ergebnisse zu sammeln und diese Daten anschließend zu visualisieren und zu analysieren, ohne sie zwischen verschiedenen Anwendungen weiterzugeben. Bei der Zusammenarbeit von verschiedenen Wissenschaftlern, koennen Teams die Arbeit eines anderen Teams anfordern, den Fortschritt verfolgen und sich informieren lassen, sobald die Ergebnisse vorliegen.

Reibungslose Arbeitsabläufe in der Antikörperforschung

Reibungslose Arbeitsabläufe in der Antikörperforschung

icon Erfassen Sie die Vielfalt der Wissenschaft

Die Dotmatics-Lösungen unterstützen Ihre Forschung unabhängig von der Zielmodalität. Mit den Lösungen von Dotmatics können Sie Ihre Experimente erfassen und Ihre Projektdaten suchen und analysieren, unabhängig davon, wie stark Sie sich auf kleine Moleküle, Biologika, chemisch modifizierte Biologika, Konjugate, Zelltherapien oder eine andere Modalität fokussieren. Neben Text- und numerischen Daten werden die Anwendungen durch wissenschaftliche Intelligenz unterstützt, die die molekularen Strukturen und/oder die biologische Sequenz von Entitäten erkennt. Die Möglichenkeiten in der wissenschaftlichen Forschung erweitern sich ständig, z.B. im Bereich neuer und unterschiedlicher Formen chemisch modifizierter Biologika. Die Dotmatics-Lösung wurde so konzipiert, dass bisher unbekannte Therapietypen schnell integriert werden können, um mit der sich entwickelnden Wissenschaft Schritt zu halten.

Mehr über die Dotmatics-Lösung für die Entdeckung chemisch modifizierter Therapeutika erfahren

icon Erfassen Sie Ihre Experimente, Entitäten, Proben und Assays

Die Dotmatics-Lösung bietet Funktionen zur Erfassung kompletter Labor-Workflows. Das flexible Electronic Lab Notebook (ELN) stellt zahlreiche Templates zur Verfügung, damit eine Vielzahl von Experimenten  in der medizinischen Chemie, der Molekularbiologie und den analytischen Wissenschaften erfasst werden kann. Die Entitätsregistrierung erfasst dann die Produkte dieser Experimente, unabhängig davon, ob es sich um Biologicals, chemisch modifizierte Biologicals, Konjugate, kleine Moleküle oder strukturlose Entitäten wie Zelllinien handelt. Das Registrierungssystem verzeichnet die Abstammungslinien dieser Entitäten, als ob sie aus ihren Parent produziert würden, und auch die Beziehungen zwischen den Entitätstypen. Eine Inventarisierungsfunktion erfasst die Standorte und Mengen der physischen Proben und ermöglicht es, diese zum Assay zu versenden. Das flexible Assay-Datenmanagementsystem dient der Erfassung von Assays und deren Ergebnissen. Zu den unterstützten Assay-Typen gehören Hochdurchsatz-, High-Content-, Dosis-Wirkungs-, kinetische und DMPK-Experimente. Die gesamten Daten werden in der Plattform gespeichert und vernetzt, damit sie nach der Veröffentlichung sofort dem gesamten Projektteam zur Analyse und Entscheidungsfindung zur Verfügung stehen.

icon Automatisieren Sie die Erfassung und Verarbeitung von Labordaten

Die Dotmatics-Funktion zur Automatisierung von Labordaten kann die Effizienz des Labors erheblich steigern. Daten werden automatisch von Laborgeräten erfasst und sicher in einem Datenpool gespeichert. Anschließend werden sie geparst, um Daten und Metadaten zu extrahieren, und eine Validierung durchzuführen. Operative Dashboards gewährleisten die Überwachung von Fortschritten und Resultaten. Abschließend können die Daten direkt an das Labornotizbuch oder Assay-Datenmanagementsysteme übermittelt werden. Alle diese Vorgänge erfolgen in Realtime und ohne menschliches Eingreifen. Dies befreit die wertvolle Zeit der Wissenschaftler von profanen Aufgaben der Datenerfassung und -verarbeitung. Menschliche Fehler werden reduziert oder eliminiert und garantiert saubere und umfassende Daten, die zur Steuerung von KI/ML-Modellen oder direkt für die Entscheidungsfindung der Wissenschaftler verwendet werden. Das System ist so skalierbar, dass es die enorme Anzahl von Dateien bewältigen kann, die von den heutigen Geräten mit dem höchsten Durchsatz generiert werden.

 

Erfahren Sie mehr über die Dotmatics-Lösung zur Automatisierung von Labordaten

icon Entscheidungsfindung mit Datenintelligenz unterstützen

Mit den Abfragefunktionen von Dotmatics können Wissenschaftler die Auswirkungen von Datensilos beseitigen, indem sie in aggregierten Daten suchen. Diese Daten können im Dotmatics-System, in interner Software und in externen Datenbanken gespeichert werden. Die Daten sind jeweils in einzelnen, durchsuchbaren Projektansichten zugreifbar. Struktur- und Sequenzsuchfunktionen erleichtern das Auffinden aller wissenschaftlichen Daten. Einfach zu bedienende Analysen, die in den Datenvisualisierungsfunktionen von Dotmatics enthalten sind, ermöglichen es Projektteams, ihre Daten auf einer gemeinsamen Plattform zu analysieren und zu visualisieren. Dies ermöglicht eine integrierte Entscheidungsfindung und führt letztendlich zu beschleunigten und bestinformierten Entscheidungen.

Erfahren Sie mehr über die Data Intelligence-Lösungen von Dotmatics

Erfahren Sie mehr über Dotmatics Lösungen für das Chemiedesign

icon Optimieren Sie die kollaborative, vernetzte Forschung

Die Software von Dotmatics wurde speziell für die Zusammenarbeit zwischen wissenschaftlichen Teams innerhalb einer Organisation oder, wenn sie in der Cloud gehostet wird, in einem kollaborativen Forschungsnetzwerk von Pharmaunternehmen, Biotechs, CROs und akademischen Labors entwickelt. Wissenschaftliche Daten können in Echtzeit ausgetauscht werden. Event-Feeds und Dashboards zeigen den aktuellsten Projektstatus an. Kollaborations- und Kommunikationstools vereinfachen die Interaktion zwischen verteilten Teams, die Arbeit anfordern und anschließend Experimente und Ergebnisse austauschen.

Erfahren Sie mehr über Dotmatics-Lösungen für Kollaborationsnetzwerke

CASE STUDY

Learn How Dotmatics Helped Optimize Discovery at LeadPharma

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This Solution Consists Of

iconDotmatics Browser

Dotmatics Browser is a powerful web-based search and reporting solution that provides federated searching across Dotmatics and third party research databases, enabling research scientists to access all of their data whenever they need it, irrespective of where it is stored.

  • Provides scientific search, such as chemical substructure/similarity and sequence similarity/alignment
  • Manages project level and personal search forms and views, queries, lists and reports.
  • Powerful scientific data visualization as forms, tables and charts.

iconDotmatics Studies Notebook

Dotmatics Studies Notebook is an Electronic Laboratory Notebook (ELN) with flexible templating to capture, store and search experiments from all scientific disciplines.

  • Flexible protocols (implemented as templates) allow the single ELN to accommodate highly structured experiments such as synthetic chemistry and protein purifications, as well as more ad hoc experiment types often useful for target identification and discovery biology experiments. Ad hoc experiments are also often used to support a transition from paper based notebooks
  • Dotmatics Studies Notebook allows for collaboration on experiments by multiple scientists within or between organizations

iconDotmatics Bioregister

Dotmatics Bioregister is a web-based application for registering sequence-based, chemically-modified and structureless biological entities, allowing biologics discovery organizations to ensure entity uniqueness and protect their intellectual property. Bioregister supports management of a broad set of biologics entities, including DNA, RNA, peptides and proteins, antibodies, conjugates, non-natural peptides and nucleotides,  plasmids, cell lines and user-defined entities. It also enables users to record batches and samples for these entities, purification and expression information, and other protein production data.

  • Records and manages biologic entities, including chemically-modified sequences and sequence-less entities, and associated attribute data and lineages
  • Generates chemical representation (where possible) of natural and non-natural entities
  • Determines the uniqueness of entities and assigns registration numbers, including using full chemical-based uniqueness where possible
  • Manages data associated with entity production, such as protein expression, purification and characterization
  • Records batches and samples of protein produced for the entities, with full relationship tracking

iconDotmatics Register

Dotmatics Register is a web-based compound and batch registration system used to maintain corporate chemical registration and reagent databases.

  • Captures chemical structure and associated data for newly synthesized or acquired compounds
  • Determines uniqueness and assigns new corporate IDs and/or new batch/lot IDs
  • Allows for single compound or batch registration
  • Allows registration from its own UI or from an ELN (Dotmatics or third party)

iconDotmatics Studies

Dotmatics Studies is a highly flexible, innovative screening data management solution to capture and analyze all types of screening experiments from high content (HCS) and high throughput (HTS) to dose-response and DMPK studies.

  • Defines analysis protocols for plate and non-plate based assays
  • Provides out-of-the-box and custom assay protocols, curve fit calculations, plate readers, and plate layouts captured and stored for re-use
  • Supports very high data volume assays
  • Defines business rules for very automated classification of results
  • Manual or automated processing allows screening scientists to apply the screening protocols to process raw instrument and validate the results, or experiment creation and processing to be driven via an automation layer.
  • Once completed and validated, screening results are immediately available via Browser to the project team

iconDotmatics Vortex

Dotmatics Vortex is an interactive data visualization and analysis solution for scientific decision support. Building on and extending the spreadsheet paradigm, it provides the data manipulation, statistical analysis and sophisticated plotting capabilities required to explore and understand any complexity and size of data. Vortex is also scientifically aware providing native cheminformatics and bioinformatics analysis and visualizations.

  • Allows users to understand, refine and select from large and/or complex data sets
  • Allows teams to collaborate on scientific analysis through shareable workspaces and reusable templates
  • Understands numeric, textual, image, chemical structure and biologic sequence data
  • Generates high performance, interactive visualizations, including charts and tables
  • Handles very large datasets – e.g. tables of millions of compounds by thousands of descriptors or cells containing whole genome sequences
  • Has inbuilt data mining, statistical, cheminformatics and bioinformatics analysis functions
  • Loads data from many types of file or when used in conjunction with Browser, directly from databases

iconDotmatics Blueprint

Blueprint is a web-based visualization and scientific analytics application. It is designed to help project scientists working on small molecule discovery projects to visualize and analyze their data, and to help them to design their next set of compounds to make.

  • Simple guided web user interface designed for bench scientists who are not data analysis experts and may not spend all day, every day in data analysis tools
  • Interactive visualization of scientific data with charts, tables and grids designed to explore molecular datasets
  • A carefully curated set of the more important workflows for chemistry calculations and cheminformatics analytics to understand SAR data sets
  • Enables communication through shared workspaces
  • Seamless integration to the Dotmatics suite:
    • Browser to assemble project data
    • Reaction Workflows to design libraries and chemical series
    • Vortex to enable deeper ad-hoc analysis

iconDotmatics Platform

The Dotmatics Platform is the common framework that supports the Dotmatics web-based scientific applications and allows them to work together to provide users seamless end-to-end workflows. The Platform supports managed deployments in the Cloud or self-supported deployments on premise. An open architecture enables workflows to include third-party software integration. When used together with Dotmatics Browser the Platform allows federated data access across corporate and external research data.The Dotmatics Platform is completely unified – it provides common data models, code and architecture to support business workflows that span the capabilities of the individual applications. This is important for enterprise enablement of research organizations, providing ease of maintenance and development. It gives the lowest possible total cost of ownership compared to platforms that support their applications with less tightly integrated collections of multiple technologies and/or architectures with multiple development histories.

  • Provides the framework that supports all Dotmatics web-based scientific applications and allows them to work together to provide seamless workflows.
  • Portal for administrators to manage users and groups, applications and configurations
  • Provides APIs for automation and integration with 3rd party software
  • When used in conjunction with Dotmatics Browser provide access to data from across an organization and externally

iconDotmatics Chemselector

Dotmatics Chemselector manages very large chemistry datasets with fast search and trivially simple maintenance/update. It has a modern user interface focused on browsing and filtering for molecule, reagent and sample selection. The available eMolecules+ for Chemselector dataset provides access to highly curated eMolecules sourcing data.

Chemselector

  • High performance chemical searching, filtering and selection designed to support critical medicinal and synthetic chemistry workflows including:
    • building block selection
    • fragment set design
    • screening molecule selection for scaffold hopping
    • chemical series validation for hit to lead campaigns (“SAR by catalog”)
  • Uses Dotmatics provided datasets such as eMolecules+ for Chemselector and ChEMBL for Chemselector, or datasets built in-house from corporate or public databases

eMolecules+ for Chemselector

  • A sourcing dataset of over 20 million compounds and 8 million unique chemical substances with availability, pricing and packaging information from hundreds of suppliers using data curated by eMolecules
  • Provides additional information to the eMolecules source data to enhance searching, including deprotected structures, calculated physicochemical properties and structure classes
  • Simple monthly updates provide the latest eMolecules supplier and catalog data

iconDotmatics Cascade

Dotmatics Cascade manages the requesting and assignment of laboratory tasks, and tracking the progression of samples, across multiple teams within an organization or across a collaborating network.

  • Dotmatics Cascade allows organizations to define available services, such as assay execution or analysis and the associated scientific team
  • Scientists create requests for services and submit compounds Service managers manage, group and assign requests for execution
  • Service team scientists accept requests, create and auto populate experiments to execute them
  • Teams can see request status and monitor compound or sample progression

iconDotmatics Reaction Workflows

Dotmatics Reaction Workflows is a graphical environment that enables scientists to build and execute data processing workflows to perform common cheminformatics tasks, such as library enumeration, structure normalization and compound profiling. Users build workflows in a drag-and-drop environment by selecting and connecting nodes that provide inputs (e.g a list of reagents) and outputs (e.g. view in Dotmatics Vortex) or perform actions (e.g. perform a reaction), configuring them with data and then executing the workflow to produce results. Many different tasks can be configured including:

  • Synthetic library enumeration for an ELN experiment
  • Virtual library enumeration and profiling for virtual screening
  • Structure normalization for registration
  • Idea generation via lead hopping or to avoid liabilities
  • Chemistry file clean up

iconDotmatics Inventory

Dotmatics Inventory is a fully searchable sample and materials inventory that tracks chemicals, biologics, instruments and associated data across a hierarchy of locations and manages the dispensing and plating workflows, as samples are moved through an R&D process.

  • Defines a hierarchy of storage locations for an organization
  • Track samples in containers such as bottles and plates in those storage locations
  • Manages research materials, reagents and assets
  • Manages the aliquoting and dispensing workflows to distribute samples for testing
  • Maintains a full audit trail
  • Allows for searching and reporting on inventory information alongside other corporate data

iconDotmatics Pinpoint

Dotmatics Pinpoint is a chemical cartridge for indexing and searching chemistry within Oracle databases.

Pinpoint enables indexing of chemical structures, calculations of physical chemical properties and substructure searches within an Oracle database. It is used to support structure searching with Dotmatics Browser, check for structural uniqueness and register molecules in Dotmatics Register, and store and search chemical reactions in Dotmatics Studies Notebook.

iconDotmatics Elemental

Dotmatics Elemental is a chemical sketcher that enable scientists to draw, edit and save structures and reactions, and calculate properties.

  • Sketch molecules, reactions and structure queries
  • Calculate chemical properties
  • Available as a fully-featured desktop application, iOS app or lightweight JavaScript plugin for sketching in-line in webpages