Dotmatics für die Biologika-Forschung

Unterstützung der multi-modalen Wirkstoffsuche

test
Überblick

Informatik mit eingebauter Chemie und Biologie

Life-Science-Unternehmen haben ihre Investitionen in die Entwicklung einer Vielzahl von natürlichen und chemisch modifizierten Biologika stark erhöht. Aber viele kämpfen damit, wie sie die Prozesse, Experimente, Entitäten und riesigen Datenmengen, die produziert werden, nachverfolgen können, wobei sie oft Ad-hoc-Prozesse verwenden, die Daten auf Fileshares und in Tabellenkalkulationen erfassen. Die Dotmatics-Informatiklösung für die Biologics Discovery adressiert diese Probleme und ermöglicht es Forschungsorganisationen, erfolgreichere, effizientere und innovativere Projekte durchzuführen. Multidisziplinäre und sogar organisationsübergreifende Teams können alle ihre Biologika-Daten und Prozesse erfassen und nachverfolgen und dann die Analyse- und Entscheidungsunterstützungsfunktionen nutzen, um die bestinformierten Entscheidungen zum Projektverlauf zu treffen.

bg
Ihre Herausforderungen

Benötigen Sie

collaboration icon

Zusammenarbeit

Ein Forschungsprojekt erstreckt sich über Abteilungen, wissenschaftliche Disziplinen, Standorte und manchmal auch Unternehmen. Anfragen, Daten und Ergebnisse müssen nahtlos zwischen allen Mitgliedern fließen, um die effiziente Durchführung des Projekts zu gewährleisten.

Entscheidungsunterstützung

Jedes Mitglied des Projektteams braucht Echtzeit-Zugriff auf alle Projektdaten, für die es eine Berechtigung hat, unabhängig davon, wo sie gespeichert sind. So wird sichergestellt, dass sie die bestinformierten Entscheidungen über den Projektverlauf treffen können.

Labor Effizienz

Die Steigerung der Effizienz wird die Zykluszeiten für die Entdeckung reduzieren. Dies kann durch nahtlos integrierte Daten-Workflows erreicht werden, die den Arbeitsablauf jedes Wissenschaftlers im Labor widerspiegeln, durch die Automatisierung von Datenflüssen von Instrumenten und durch funktionsübergreifende Workflows, die verschiedene Teammitglieder umfassen

Capabilities

Mit Dotmatics können Sie implementieren

icon Nahtlose multidisziplinäre Arbeitsabläufe

Arbeitsabläufe in der Biologika forschung und -entwicklung sind komplex, hoch iterativ und erfordern viele Übergaben zwischen verschiedenen wissenschaftlichen Teams innerhalb eines Unternehmens oder zwischen kooperierenden Organisationen.

Dotmatics bietet eine umfassende Lösung, die alle Phasen eines Entdeckungs-Workflows abbildet, wie z.B. den abgebildeten Workflow zur Antikörperentdeckung (siehe auch die Dotmatics-Lösung für die Antikörperentdeckung). Die Workflows nutzen Anwendungen aus dem Dotmatics Portfolio, darunter ein biologiefähiges elektronisches Labornotizbuch (BioELN), Biologische Registrierung, Bestandsverwaltung, Assay-Datenmanagement, Arbeitsanforderungssystem, Suche und visuelle Datenanalyse. Alle Dotmatics-Funktionen sind vollständig integriert, so dass sie sich nahtlos an die Arbeitsabläufe eines Wissenschaftlers anpassen lassen. Zum Beispiel kann von der BioELN-Schnittstelle aus mit einem einzigen Klick eine neue Entität im biologischen Registrierungssystem angelegt werden. Wissenschaftler und Manager können das Work-Request-System nutzen, um teamübergreifende Arbeitsabläufe zu erstellen und zu überwachen. Dashboards ermöglichen allen Teammitgliedern die Überwachung des Projektstatus und ihrer Arbeitsabläufe.

icon Laborinformatik für Molekular Biologen

Integrierte Workflows, die mit Biologen spezifischen ELN-Vorlagen erstellt wurden, ermöglichen es Molekularbiologen, ihre Experimente im BioELN zu erfassen und die Daten direkt an Bioregister zu senden. Bioregister ist das Aufzeichnungssystem, das die gesamte Bandbreite wissenschaftlicher Datentypen erfasst, die als Therapeutikum Kandidaten untersucht oder als Teil des Forschungsprozesses verwendet werden. Dazu gehören DNA, RNA, Proteine, Antikörper, Antikörper-Wirkstoff-Konjugate, Plasmide, chemisch modifizierte Peptide und Nukleotide, Zelllinien sowie neue, benutzerdefinierte Entitäten. Bioregister erfasst nicht nur die Entitäten und ihre Attribute, sondern auch die Beziehungen zwischen diesen Entitäten. Es ermöglicht den Anwendern auch die Aufzeichnung von Proben-, Klon-, Vektor-, Aufreinigung- und Expressionsinformationen sowie die Verwaltung des Proteinproduktionsprozesses. Sobald die Proben zur Verfügung stehen, nutzen Wissenschaftler Cascade, um Assay-Services für sie anzufordern. Auf Entitäten, die im Bioregister gespeichert sind, kann direkt im BioELN zugegriffen werden, was die Arbeitsabläufe vereinfacht.

icon Laborinformatik für Proben Managers

Integrierte Workflows in Inventar ermöglichen es Probenmanagern, biologische (und andere) Proben in einer Hierarchie von Lagerorten zu empfangen, Probenlebenszyklen zu verwalten, Aliquote und Platten für Tests zu verteilen. RESTful Web-Services innerhalb der Dotmatics-Plattform bedeuten, dass viele Funktionen von Inventar direkt aus dem BioELN aufgerufen werden können, so dass der Endbenutzer-Wissenschaftler die Benutzeroberfläche nicht ändern muss, was seine Arbeitsabläufe rationalisiert.

icon Laborinformatik für Assay Wissenschaftler

Integrierte Workflows ermöglichen Assay Wissenschaftlern die Erfassung und Analyse von Daten aus Primär-, Sekundär- und DMPK-Assays in Studien. Erweiterte visuelle und statistische Analysen von Assays sind ebenfalls in Vortex verfügbar.

Sie können validierte Assay Ergebnisse direkt an die wissenschaftlichen Teams veröffentlichen.

Sie können Cascade verwenden, um Proben und Platten aus der Bestandsverwaltung anzufordern.

Studies verwendet dasselbe zugrundeliegende Framework wie das BioELN, wodurch die Lernkurve der Benutzeroberfläche für die Endanwender-Wissenschaftler reduziert wird.

icon Entscheidungshilfe für das Wissenschaftliche Team

Alle Teammitglieder können den Browser verwenden um alle Forschungsdaten zu durchsuchen, einschließlich Experimente, Sequenzen und andere biologische Einheiten, Proben und Assays, sobald BioELN Experimente veröffentlicht und Ergebnisse verfügbar sind.

Vortex bietet bioinformatische Analysen in einer einfach zu bedienenden grafischen Oberfläche, die es einer Vielzahl von Wissenschaftlern ermöglicht, Analysen durchzuführen, ohne Skripte schreiben zu müssen. Zu den verfügbaren Methoden gehören Sequenz-Alignment und Clustering, eine Reihe von Methoden zur Bewertung von Beziehungen zwischen Sequenz und Aktivität und zur Erstellung von Vorhersagemodellen für diese, sowie statistische Analysen und Hochleistungsvisualisierung von Projektdaten. Diese Funktionen ermöglichen es dem Team, zeitnahe, gut informierte Entscheidungen über den Projektverlauf zu treffen.

Echtzeit Dashboards unterstützen die Entscheidungsfindung des Projektmanagements.

icon Entwickelt für Zusammenarbeit

Die Dotmatics Software ist für die Zusammenarbeit zwischen wissenschaftlichen Teams innerhalb einer Organisation oder, wenn sie in der Cloud gehostet wird, in einem kollaborativen Forschungsnetzwerk von Pharmaunternehmen, Biotechs, CROs und Akademischen Laboren konzipiert. Experimente im BioELN und veröffentlichte wissenschaftliche Daten können in Echtzeit geteilt werden, Event-Feeds und Dashboards zeigen den aktuellen Projektstatus an und Kollaborations- und Kommunikationswerkzeuge erleichtern die Interaktion zwischen verteilten Teams.

Products

This solution consists of

iconDotmatics Browser

Dotmatics Browser is a powerful web-based search and reporting solution that provides federated searching across Dotmatics and third party research databases, enabling research scientists to access all of their data whenever they need it, irrespective of where it is stored.

  • Provides scientific search, such as chemical substructure and similarity.
  • Manages project level and personal search forms and views, queries, lists and reports.
  • Powerful scientific data visualization as forms, tables and charts.

iconDotmatics Vortex

Dotmatics Vortex is an interactive data visualization and analysis solution for scientific decision support. Building on and extending the spreadsheet paradigm, it provides the data manipulation, statistical analysis and sophisticated plotting capabilities required to explore and understand any complexity and size of data. Vortex is also scientifically aware providing native cheminformatics and bioinformatics analysis and visualizations.

  • Allows users to understand, refine and select from large and/or complex data sets
  • Allows teams to collaborate on scientific analysis through shareable workspaces and reusable templates
  • Understands numeric, textual, image, chemical structure and biologic sequence data
  • Generates high performance, interactive visualizations, including charts and tables
  • Handles very large datasets – e.g. tables of millions of compounds by thousands of descriptors or cells containing whole genome sequences
  • Has inbuilt data mining, statistical, cheminformatics and bioinformatics analysis functions
  • Loads data from many types of file or when used in conjunction with Browser, directly from databases

iconBioregister

Dotmatics’ Bioregister is a web-based application for registering sequence-based, chemically-modified and structureless biological entities, allowing biologics discovery organizations to ensure entity uniqueness and protect their intellectual property. Bioregister supports management of a broad set of biologics entities, including DNA, RNA, peptides and proteins, antibodies, conjugates, non-natural peptides and nucleotides,  plasmids, cell lines and user-defined entities. It also enables users to record batches and samples for these entities, purification and expression information, and other protein production data.

  • Records and manages biologic entities, including chemically-modified sequences and sequence-less entities, and associated attribute data and lineages
  • Generates chemical representation (where possible) of natural and non-natural entities
  • Determines the uniqueness of entities and assigns registration numbers, including using full chemical-based uniqueness where possible
  • Manages data associated with entity production, such as protein expression, purification and characterization
  • Records batches and samples of protein produced for the entities, with full relationship tracking

iconDotmatics Studies Notebook

Dotmatics Studies Notebook is an Electronic Laboratory Notebook (ELN) with flexible templating to capture, store and search experiments from all scientific disciplines.

  • Flexible protocols (implemented as templates) allow the single ELN to accommodate highly structured experiments such as synthetic chemistry and protein purifications, as well as more ad hoc experiment types often useful for target identification and discovery biology experiments. Ad hoc experiments are also often used to support a transition from paper based notebooks
  • Dotmatics Studies Notebook allows for collaboration on experiments by multiple scientistshttps://www.dotmatics.com/product-studies-notebook/ within or between organizations

iconDotmatics Studies

Dotmatics Studies is a highly flexible, innovative screening data management solution to capture and analyze all types of screening experiments from high content (HCS) and high throughput (HTS) to dose-response and DMPK studies.

  • Defines analysis protocols for plate and non-plate based assays
  • Provides out-of-the-box and custom assay protocols, curve fit calculations, plate readers, and plate layouts captured and stored for re-use
  • Supports very high data volume assays
  • Defines business rules for very automated classification of results
  • Manual or automated processing allows screening scientists to apply the screening protocols to process raw instrument and validate the results, or experiment creation and processing to be driven via an automation layer.
  • Once completed and validated, screening results are immediately available via Browser to the project team

iconDotmatics Inventory

Dotmatics Inventory is a fully searchable sample and materials inventory that tracks chemicals, biologics, instruments and associated data across a hierarchy of locations and manages the dispensing and plating workflows, as samples are moved through an R&D process.

  • Defines a hierarchy of storage locations for an organization
  • Track samples in containers such as bottles and plates in those storage locations
  • Manages research materials, reagents and assets
  • Manages the aliquoting and dispensing workflows to distribute samples for testing
  • Maintains a full audit trail
  • Allows for searching and reporting on inventory information alongside other corporate data

iconDotmatics Platform

The Dotmatics Platform is the common framework that supports the Dotmatics web-based scientific applications and allows them to work together to provide users seamless end-to-end workflows. The Platform supports managed deployments in the Cloud or self-supported deployments on premise. An open architecture enables workflows to include third-party software integration. When used together with Dotmatics Browser the Platform allows federated data access across corporate and external research data.The Dotmatics Platform is completely unified – it provides common data models, code and architecture to support business workflows that span the capabilities of the individual applications. This is important for enterprise enablement of research organizations, providing ease of maintenance and development. It gives the lowest possible total cost of ownership compared to platforms that support their applications with less tightly integrated collections of multiple technologies and/or architectures with multiple development histories.

  • Provides the framework that supports all Dotmatics web-based scientific applications and allows them to work together to provide seamless workflows.
  • Portal for administrators to manage users and groups, applications and configurations
  • Provides APIs for automation and integration with 3rd party software
  • When used in conjunction with Dotmatics Browser provide access to data from across an organization and externally